Көрмеге өткен ғасырдың басылымдары қойылған. Кітапхананың сирек кітаптар қоры университеттің ерекше құндылығы болып табылады. Оның құрамына 18, 19, 20 ғасырдың басындағы 13 мыңнан астам басылымдар кіреді. Бұл кітаптар, брошюралар, білімнің барлық салалары бойынша журналдар, атластар және орыс және еуропалық тілдердегі – неміс, француз, ағылшын және т. б. бейнелеу материалдары. Қорда 170 атау бар. Профессорлар Голованов, Бажанов, Амосов және Сәрсен Аманжоловтың мемориалдық кітап жинақтары мен жеке мұрағаттары біртұтас ретінде сақталуда. Мәселен, Федор Григорьевич Головановтың коллекциясы бұл әр түрлі жылдардағы 30 тілдегі 63 түрлі-түсті безендірілген әліпби. ХХ ғасырдың 50-60-шы жылдары жарық көрген даргин және құмық, қазақ және армян, венгр және болгар және т.б. тілдері ауқымы таң қалдырарлық. Қазіргі уақытта олар библиографиялық сирек кездесетінін айта кеткен жөн. Кітапхананың сирек басылымдар қорынан екі жәдігер республиканың кітап қазынасына кірді. Олар Иш - Мұхаммед Букин құрастырған "Әлем жады. Орыс–қырғыз және қырғыз-орыс сөздігі” деректі мұрасының ұлттық тізіліміне енгізілді. Сөздік жан-жақты, әрі үлкен мәнге ие. Біріншіден, бұл қазақ-орыс және орыс-қазақ сөздіктерін құрастырудағы алғашқы тәжірибелердің бірі. Екіншіден, ол сөздер мен ұғымдарды қазақ, орыс тілдерінен басқа, араб тілінде де түсіндірілетіндігімен ерекшеленеді. Үшіншіден, қазақ халқының лексикасын құрайтын сөздерді жинап, ретке келтіруге алғашқы қадам. Сөздік 1883 жылы Ташкент қаласындағы С.И. Лахтиннің Типо – Литографиясында Түркістан өлкесінің жоғары оқу орындарының рұқсатымен жарық көрді. Ғылыми кітапхананың сирек қорының жинағында 1701 жылы аяқталған Семен Ульянович Ремезовтың "Сібірдің сызба кітабы" Ұлттық картографиясының баға жетпес шедеврі бар. Бұл орыс және голланд тілдерінде жазулары бар қолмен жазылған атлас. Тарих ғылымында бұл ерекше кітап 1842 жылдан бастап оның алғашқы қысқаша сипаттамасы жарияланған кезде белгілі болды. 1882 жылы кітап литография техникасында жарық көрді, таралымы 1000 дана. Әр карта – сызбада кіріспеден бұрын, оны жасау себептері мен көздері көрсетілген. Зерттеуші ғалымдар үшін "Бүкіл сусыз және аз өтетін тасты дала жерінің сызбасы" ерекше маңызға ие. Онда "Казак ордасының жерлері" бейнеленген. Картада ежелгі қалалардың немесе құрылыстардың іздері белгіленген. Көптеген елді-мекендердің өсімдіктері сипатталған. Мәселен, Каспий және Арал теңіздерінің іргелес аумақтарымен картографиялық сипаттамасы берілген, өзендер, көлдер, құдықтар көрсетілген. Кітапта үлкен нақты материалдар бар. Бұл 17 ғасырдың соңында Сібір, Қазақстан және Орта Азия туралы белгілі деректердің алғашқы жинағы. Қазақстан бойынша кітаптар арасында "Ресей империясының 1897 жылғы алғашқы жалпыға ортақ халық санағы", ғылыми қоғамдардың еңбектері: "Императорлық Орыс Географиялық қоғамының Батыс-Сібір бөлімінің Семей бөлімшесінің жазбалары. Қазақстанның солтүстік және шығыс облыстарындағы қоныс аудару және отарлау туралы материалдар кеңінен ұсынылған - "отарлау мәселелері". 1- 19. ШҚУ кітапханасының сирек кітаптар бөлімінде тек кітаптар ғана емес, сонымен қатар әр түрлі мерзімді басылымдар да бар. Ең көнесі "Сібір жаршысы" (1818-1824) болып табылады. Оның беттерінде Сібір, Алтай, Қазақстанның тарихы, этнографиясы, географиясы бойынша материалдар көрсетілген. Сирек қорда 1825 жылдан бастап "Сібір Хабаршысының" жалғасы ретінде шығарыла бастаған "Азиялық хабаршының" көшірмелері бар. Сонымен қатар, Қазақстанның, Алтайдың, Сібірдің ғалым-зерттеушілерінің еңбектері бар. Атап айтқанда - Н. М. Ядринцев. 1878 жылы, содан кейін 1980 жылы ол Алтайға барды. Саяхат кезінде Н.М. Ядринцев Алтай өзендері мен мұздықтарын зерттеді, Катун және Берел мұздықтарының жоспарларын жасады, бірқатар тау шыңдары мен асулардың биіктігін анықтады. Сирек қорда оның "Сібір колония ретінде", "Сібірдегі жер аударылғандардың сілтемесі"еңбектері бар. С. Аманжолов атындағы ШҚУ кітапханасында сақтаулы сирек басылымдар студенттер мен оқытушыларға Сібір, Алтай, жалпы Қазақстан туралы ғылымның қалыптасу тарихын зерттеумен, сондай-ақ 19 ғасырдың аяғы - 20 ғасырдың басындағы Сібір-Алтай ғылыми интеллигенциясының жекелеген көрнекті өкілдерінің қызметін зерттеумен айналысуға мүмкіндік береді. Студенттерді, оқытушылар мен қызметкерлерді "Кітапхана қорды ашады" атты көрмеге ғылыми оқу залына (229 аудитория) шақырамыз.
